菏泽职业学院机电工程系是学院重点建设的系部之一、同时是建系最早的系部之一。下设机电一体化技术、电气自动化技术、工业机器人技术、供用电技术等专业及多个专业方向。在专业建设过程中，坚持解放思想，实事求是，不受传统思想的束缚，大力调整专业结构，面向市场，走产学研相结合、工学交替的办学之路，实现了机电类专业办学的跨越式发展，专业办学规模连年扩大，学生就业率达到95%以上。

机电工程系拥有一支师德高尚，教育理念新，改革意识强，年龄结构、职称结构、双师结构、知识与能力结构、学术专长配套合理的教师队伍。教师结构比例为：副教授、高工占40％，双师型教师占45％，研究生占50％。

机电工程系拥有多个实验实训室，同时拥有多个生产性校外实训基地，现有山东省人工智能品牌专业群建设项目、教育部智能制造领域中外人文交流人才培养基地项目。近年来，机电工程系大力开展校企合作，产教融合，先后与山东闪亮教育科技集团有限公司、神州智造教育科技（北京）有限公司、武汉金石兴机器人自动化工程有限公司联合办学，创立了闪亮人工智能学院、神州智造学院、华科机器人学院。办学实力大幅提升，产、学、研、赛、训、培六位一体构建机电工程系办学特色。